HIV/AIDS.
+ Cục Quản lý Môi trường y tế.
+ Cục Quản lý Khám, chữa bệnh.
+ Cục Quản lý Y, Dược cổ truyền.
+ Cục Quản lý Dược.
+ Cục An toàn thực phẩm.
+ Cục Cơ sở hạ tầng và Thiết bị y tế.
+ Cục Dân số.
- 03 các đơn vị sự nghiệp trực thuộc, phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ Y tế, gồm:
+ Viện Chiến lược và Chính sách y tế.
+ Trung tâm