cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước:
- Vụ Pháp chế;
- Vụ Hợp tác quốc tế;
- Vụ Tổ chức cán bộ;
- Vụ Thanh tra - Kiểm tra;
- Văn phòng (có đại diện tại thành phố Hồ Chí Minh);
- Cục Giám sát quản lý về hải quan;
- Cục Thuế xuất nhập khẩu;
- Cục Điều tra chống buôn lậu;
- Cục Kiểm tra sau thông quan;
- Cục Tài vụ - Quản trị