Hóa đơn trị giá hải quan

Công ty tôi nhập lô hàng thì có tham vấn về trị giá hải quan nhưng cơ quan hải quan lại áp giá trên hóa đơn cao hơn so với giá ban đầu. Sau đó chuyển qua thông quan thì họ yêu cầu giá trên hợp đồng và giá trên hóa đơn thương mại phải giống nhau. Tôi muốn hỏi công ty tôi phải làm gì trong trường hợp này? Mong được hỗ trợ. Xin cảm ơn.